पाकिस्तानमा नागरिकमाथि सैनिक अदालतमार्फत मुद्दा चलाउने प्रक्रियालाई लिएर अन्तर्राष्ट्रिय मानवअधिकार संगठनहरूले गम्भीर चिन्ता व्यक्त गरेका छन्। विशेषगरी राजनीतिक असन्तोष, विरोध प्रदर्शन तथा सुरक्षा घटनापछि नागरिकलाई सैन्य न्याय प्रणालीअन्तर्गत कारबाही गरिनु न्यायिक स्वतन्त्रता र मानवअधिकारको सिद्धान्तविपरीत भएको आरोप लगाइएको छ। अन्तर्राष्ट्रिय मानवअधिकार संस्था एम्नेस्टी इन्टरनेसनलले प्रकाशित गरेको वक्तव्यमा पाकिस्तान सरकारले नागरिकमाथि सैनिक अदालत प्रयोग गर्ने अभ्यास तत्काल अन्त्य गर्नुपर्ने माग गरेको छ। संस्थाले यस्ता अदालतहरू पारदर्शी, स्वतन्त्र र निष्पक्ष न्यायिक मापदण्डअनुसार सञ्चालन नभएको आरोपसमेत लगाएको छ।
रिपोर्टअनुसार पाकिस्तानमा पछिल्ला वर्षहरूमा राजनीतिक अस्थिरता, सुरक्षा चुनौती तथा सरकारविरोधी गतिविधि बढेसँगै सैनिक संरचनाको प्रभाव नागरिक क्षेत्रमा समेत विस्तार भएको देखिएको छ। विशेषगरी पूर्व प्रधानमन्त्री समर्थक प्रदर्शन, राजनीतिक आन्दोलन तथा राष्ट्रिय सुरक्षासम्बन्धी घटनापछि ठूलो संख्यामा नागरिकलाई सैनिक अदालतमार्फत अभियोजन गरिएको बताइएको छ। मानवअधिकारकर्मीहरूले सैनिक अदालतमा सुनुवाइ प्रक्रियामा पारदर्शिता अभाव हुने, कानुनी प्रतिरक्षाको अवसर सीमित हुने तथा स्वतन्त्र न्यायिक निगरानी कमजोर रहने चिन्ता व्यक्त गरेका छन्। केही विश्लेषकहरूले यसले पाकिस्तानको लोकतान्त्रिक संरचना र न्यायिक स्वतन्त्रतामाथि दीर्घकालीन प्रभाव पार्न सक्ने बताएका छन्।
अन्तर्राष्ट्रिय विश्लेषकहरूका अनुसार पाकिस्तानमा सेना लामो समयदेखि राजनीतिक तथा सुरक्षा संरचनामा अत्यन्त प्रभावशाली रहँदै आएको छ। पछिल्लो घटनाक्रमले नागरिक प्रशासन र सैन्य संरचनाबीचको शक्ति सन्तुलनबारे नयाँ बहस सुरु गरेको छ र यसले आगामी दिनमा त्यहाँको कानुनी राज्यको अवधारणालाई थप चुनौती दिने संकेत गर्दछ।